Система управління якістю запроваджена у Держатомрегулювання з 2006 року та є дієвим інструментом забезпечення належного рівня надання адміністративних послуг у сфері ядерної та радіаційної безпеки. 

Методиками передбачено: внутрішні аудити, моніторинг поточних параметрів діяльності, усунення невідповідностей, аналіз з боку вищого керівництва, щорічний зовнішній наглядовий аудит процесів системи на відповідність вимогам стандарту ISO 9001:2015.

СУЯ Держатомрегулювання повністю відповідає вимогам міжнародного стандарту ISO 9001:2015, що підтверджено сертифікатом міжнародного сертифікаційного агентства TUV NORD.

Національне агентство України з питань державної служби та Центр адаптації державної служби до стандартів Європейського Союзу у 2019 році позитивно оцінили обстеження Системи управління якістю та відзначили колектив Держатомрегулювання Сертифікатом за ефективну і якісну організацію та проведення попереднього обстеження СУЯ органу виконавчої влади.