Завданням Сектору є здійснення заходів направлених на запобігання фактам незаконного, неефективного та  нерезультативного використання бюджетних коштів, запобігання виникненню помилок чи інших недоліків у діяльності Держатомрегулювання, його територіальних органів та підприємств, які належать до сфери його управління, проведення внутрішніх аудитів ефективності, відповідності та фінансових аудитів.

• Положення про Сектор внутрішнього аудиту (самостійний)